本行政许可按照一般程序办理，包括申请、形式审查与受理、专家组审查等。 
　　（一）申请 
　　申请单位按要求填写《高等级病原微生物实验室建设审查申请书》，经其所在地省级人民政府或按照行政隶属关系经国务院有关部门盖章同意后向科技部提交申请材料。 
　　（二）形式审查与受理 
　　科技部在收到申请单位报送的相关材料后，在5个工作日内完成形式审查，对申请材料齐全、符合规定形式的申请，予以受理并出具受理单。申请材料不齐全或不符合规定形式的，在5个工作日内一次性书面告知申请单位需要补正的全部内容。 
　　（三）专家组审查 
　　科技部从高等级病原微生物实验室建设审查专家委员会抽取专家对受理的申请进行会议和现场审查，形成专家组审查意见。 
　　（四）科技部作出审查决定 
　　在专家审查意见的基础上，经科学技术部部务会审议同意后形成科学技术部审查决定。 
　　（五）复核、复议与诉讼 
　　申请单位对以上决定有异议的，可以申请复核、复议或诉讼。可在收到通知之日起15个工作日内以书面形式向科技部申请复核，也可在收到通知之日起60日内向科技部申请行政复议，也可在收到通知之日起6个月内向人民法院提起诉讼。 
　　（六）结果公开 
　　审查决定不予公开。